裁決事例 https://www.kfs.go.jp/service/...00000.html

無申告加算税を賦課決定すべきところ誤って過少申告加算税を賦課したため、これを零円とする変更決定処分をした後、改めて無申告加算税の賦課決定処分を行った場合に、変更決定前の過少申告加算税の賦課決定処分について異議申立てがされているときには、無申告加算税の賦課決定処分について異議申立てをせずに審査請求をすることができる「正当な理由」があるとした事例

▼ 裁決事例集 No.76 - 60頁
　請求人は、異議審理庁の担当職員による異議申立ての補正要求に従い、平成17年分の贈与税に係る無申告加算税の賦課決定処分に該当する箇所に丸を付し、異議申立ての補正をしたことが認められ、本件審査請求の前置である異議申立ての当初の段階から本件決定処分に基づく加算税の賦課決定処分に不服があることが明らかで、当該補正の時点において、第1次賦課決定処分に対する異議申立ては適法に行われたものと認めるのが相当である。原処分庁は、第1次賦課決定処分の加算税の表記に係る瑕疵の是正を図るべく、請求人に対し当該加算税の額を零円とする変更決定をし、第1次賦課決定処分を取り消した上、新たに加算税の額を第1次賦課決定処分のそれと同額とする第2次賦課決定処分を形式的には別個の処分として請求人に課したが、その実質は、「過少申告」から「無申告」への表記変更を行ったものにすぎず、先行の第1次賦課決定処分と後行の第2次賦課決定処分とは事実上同視できるものといえるものであり、争点が共通することは明らかで、その証拠資料の共通性及び判断の斉一性という観点からして、請求人において異議申立てをする必要がないと判断してもやむを得ない面があるといえる。さらに、原処分庁の一連の手続により、請求人には第1次賦課決定処分という不服申立ての対象がなくなる一方、原処分庁が新たに第2次賦課決定処分を課したものの、請求人はこれに対する異議申立てをしなかったことから、結果として本件第2次賦課決定処分に対する審査請求が異議申立前置手続を欠くに至ったもので、かかる結果に至ったのには、原処分庁の行為等がその一因となっているものということができる。以上のとおり、第2次賦課決定処分に対する審査請求については、請求人が異議申立てをせず直接審査請求をしてきたとしても、実質的には異議申立てをしていたのであるから、改めて異議申立てを前置させる必要はなく、原処分庁の行為等がかかる事態を生じさせた一因となっていることからすれば、国税通則法第75条第4項第3号に規定する「正当な理由があるとき」に該当すると解するのが相当であり、原処分庁の主張を採用することはできない。
平成20年10月21日裁決