裁決事例 https://www.kfs.go.jp/service/...00000.html

登録免許税法第13条第2項の規定を適用しないで登録免許税を納付し当該登記を受けた後において、同項の規定の適用によって納付税額が過大であったとする還付請求は認められないとした事例

▼ 裁決事例集 No.69 - 427頁
　請求人は、［1］社会通念上、一般に、税の申告の修正又は訂正が認められているところ、登録免許税法に登記申請の修正を認めない旨の規定はないことから、本件規定の適用を求め、同法第13条第2項に規定する証明書（以下「本件証明書」という。）を提出して行った本件還付通知請求は認められるべきであり、また、［2］共同担保である他の物件の根抵当権移転登記において、既に根抵当権の極度額を課税標準とする登録免許税を納付済みであるから、本件登記申請に本件証明書類の添付がないという手続きの不備を理由に本件還付通知請求を認めないことは、二重課税を容認することとなり違法である旨主張する。
　しかしながら、［1］登録免許税法には、本件証明書の添付がなかった場合でも本件規定の適用を認める旨の規定はなく、更に、本件登記の完了後において、本件証明書類を添付して本件還付通知請求をしても、本件規定を適用すべき事由はない、また、［2］本件登記に係る登録免許税の額は、同法第9条の規定に基づいて算出されたもので税額に誤りはないことから、本件還付通知を認めることはできない。
平成17年4月5日裁決