裁決事例 https://www.kfs.go.jp/service/...00000.html

登録免許税法第4条《公共法人等が受ける登記等の非課税》第2項の規定の適用を受けないで登記を受けた後において、非課税の登記に該当するものであることを証する書類を提出しても、既に納付した登録免許税の還付を受けることはできないとした事例

▼ 裁決事例集 No.71 - 741頁
　登録免許税の納付義務は、登記の時に成立し、納付すべき税額は、納税義務の成立と同時に特別の手続きを経ないで確定するのであり（国税通則法第15条第2項第12号及び同条第3項第5号）、登録免許税を納付した場合において過誤納が生じるのは、国税として納付された金員に対応する確定した登録免許税額が、登記の申請書に記載した登録免許税の課税標準又は税額の計算が国税に関する法律の規定に従っていないことなどにより存在しない場合である。
　本件の場合において過誤納が生じているか否かについてみると、各登記につき租税特別措置法第72条第1項及び登録免許税法第9条の規定に基づき適正に登録免許税額が算出されており、本件各納付も正しく行われた税額の計算に基づき行われたものであるから、請求人の各登記が、登録免許税の課税標準又は税額の計算が国税に関する法律の規定に従っていないとはいえず、本件各納付によって過誤納が生じているとはいえない。
　また、本件証明書を登記後に提出した場合に非課税規定の適用を認める規定が存在しない以上、登記後に本件証明書を提出したとしても非課税規定の適用を認めることはできない。
平成18年5月24日裁決