裁決事例 https://www.kfs.go.jp/service/...00000.html

納付された登録免許税は、正当に計算され、登記申請は適法に受理されたものであるから、その後抹消登記をしても、遡及して登録免許税が変更、減額されるものではないとした事例

▼ 裁決事例集 No.67 - 778頁
　登録免許税は、登記、登録等を担税力の間接的表現として捉え、それを課税の対象とする租税であり、登記の時点を捉え、登記したという行為に画一的に課されるものである。一方、登記官は、いわゆる形式的審査権を有するにすぎず、当該申請が実体関係と符合しているか否かを審査する実体的な審査権まではないと解されている。
　したがって、いったん登記されると、不動産登記法第49条各号の規定の却下事由がない限り、登記が当然に無効となるものではなく、まして、当該登記をしたという行為自体が登記の時点に遡及して消滅するものではないと解され、そうすると、登録免許税の課税標準及び税額についての計算に誤りがなく、一度適法に登記を了し目的を達したときは、その登記を受けた者の納税義務は確定し、その後、抹消、変更、更正登記がされても、その確定した登録免許税の課税標準及び税額は何ら影響を受けるものではないと解される。
　本件では、本件登記申請に際して納付された本件登録免許税は、登録免許税法等に基づいて正当に税額の計算が行なわれており、また、本件登記申請には不動産登記法第49条各号に該当する却下事由があると認めるに足りる証拠はなく、適法に受理されたものである。
　したがって、請求人が本件登録免許税の額の計算に誤りがないまま、適法に本件登記を受けた以上、その後に抹消登記をしても、本件登記申請時に遡及して、本件登記申請行為及び本件登記を受けたこと自体が変更され、本件登録免許税の額が変更、減額されるものではないと認められるから、本件登録免許税に過誤納があるとは認められない。
平成16年6月15日裁決